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故事要从60年前的第六代矩阵革命说起，当年尼奥经过那场大战以后，创造了一个奇迹，也成为锡安人的传说。尼奥和崔妮蒂双双殒命，换来了机器帝国与人类的暂时和平，机器大帝将一切可利用的数据重塑了第七代矩阵，并且利用合成人技术复活了尼奥和崔妮蒂。那些觉醒的人已经离开锡安，他们认为地球已经不适宜人类生存，甚至还非常不安全，所以他们集体移民木卫一，建立了一个名为IO的基地，并采取反程序技术，重新提取了那些动植物的基因序列，将IO恢复的如同地球一样。

矩阵7.0也彻底变革了，早已不依赖救世主那套宿命论维持，架构师从根本源头治理了反抗者。他们有一套完善的拟态测试系统，当初复活崔妮蒂时，就用到了这些技术，先采用合成人技术重塑肉体，再从拟态程序反复测试意识，直到意识经过各种痛苦的千锤百炼，才能成为了一个真正的生命，最后将意识注入肉体，并植入架构师指定的记忆，再将他们插管封装入胶囊仓，导入矩阵7.0。

彼时尼奥成为了一家游戏公司的开发者，他开发了一套名为矩阵的游戏，可是每当他看到那些游戏场景时，都会有一种似曾相识的感觉，甚至怀疑那些游戏剧情就是他的真实记忆，慢慢地，他难以分辨游戏和实现，将生活和游戏混为一谈，他觉得，要么是自己有精神崩溃症，要么是自己被困入了计算机生成的现实里了，每周都会与心理医生谈话，并依靠药物维持自己的精神状态。

尼奥每次在咖啡馆与崔妮蒂相遇，他都会有一种似曾相识的感觉，可是眼前这个人已成人妻，儿女成群，名字也改成了蒂芙妮，也不再认识他，他只能失落而归。

其实这一切都是架构师的阴谋，他们将过去发生的一切变成了虚构内容，也就是60年前发生的一切，都被篡改成了小说和游戏的剧情，这样人类即便有似曾相似的感觉，也会认为是游戏剧情，从而会更加顺从矩阵，相信矩阵是现实。

02觉醒

墨菲斯也早已死亡，新一代的墨菲斯只是一个数字程序，他主要负责追杀合成人，可是有一天，他遇见一个兔子女孩，终于顿悟了自己的使命，服下红色药丸，成为真正意义的墨菲斯，并开始寻找尼奥，这一找就是20年。

墨菲斯给尼奥发了一条信息，将尼奥引入洗手间，拿出红色，并告诉尼奥，这个世界不是真实的，可是尼奥根本不相信，他觉得墨菲斯只是自己游戏的编码，这只是一个测试而已，直到墨菲斯将手臂伸入镜子里，尼奥彻底沦陷了，开始动摇了自己的信念，随后特工也赶来，他们与特工发生了一场激战，尼奥一路逃跑，墨菲斯持枪应战，突然尼奥的上司也自我觉醒，成了史密斯，一场混战过后，史密斯用枪对准尼奥的眉心，扣动扳机。尼奥瞬间从梦中惊醒，回到现实，他的对面是心理医生，原来刚才发生的一切是一种深度催眠。

经过这这些奇奇怪怪的事情，尼奥脑海不断回闪过去的记忆碎片，他慢慢地认清了自己是谁，可是他无法接受这一切，为了欺骗自己，他每晚喝得烂醉如泥，甚至产生幻觉，以为自己能飞，差点跳楼自杀，幸亏兔子女孩突然出现，将他救下，并将他引入一个神秘门里，来到这里，他见到了墨菲斯，墨菲斯为他重播了过去的记忆，并告诉他：我们已经寻找你20年了，我们不知道机器为什么总是隐藏你，他们总是修改你的DSI，通过反馈系统生成你的外壳，最终让你陷入DSI的死循环里。

听完这些，尼奥来到镜前，镜中之人已经暮年垂老，他才明白，已经60年了，自己的外表没有变，是因为被修改了DSI。此时墨菲斯拿出红药丸，告诉尼奥，想知道真相，就服下它，尼奥果断服下药丸，与当年一样，他一手就伸入镜中，周围环境也变得匪夷所思，还没缓过神来，特工已经盯上他们，经过一场枪战，他们来到一辆开往东京的列车，系统瞬间将乘客激活成程序，对他们开始追杀，只见尼奥一伸手，身体进入一面镜子中，同时他的真身也从胶囊仓苏醒，他疯狂地呼吸着，望着这些场景，往日的记忆历历在目，他只是在乎对面胶囊仓的崔妮蒂，可是机械昆虫已经锁住他的脖子，直到他挣脱所有插管，才彻底恢复自由，他的身体被友方的昆虫带走，离开时，他看了一眼崔妮蒂蠕动的手臂，他明白自己终究有一天还要回来。

03回归

尼奥回到真实世界，与以前一样，先进入墨菲斯的训练程序，明白自己的状况，以及矩阵7.0的事态，并激活自己的超级权限，才真正回到基地，此时锡安已经荡然无存，人类生存在木卫一的IO基地上，这里是人类的家园，机器与人类也不再互相战斗。很多事情都变了，老一代船员已经死亡，他们的后代继承了悬浮舰，墨菲斯也成了一个数字形象，只能依靠磁力法典，在现实世界重塑真身，奈欧比也成为基地的将军，只有尼奥还是原来的尼奥，没有发生一点变化。

尼奥与奈欧比一番攀谈，才明白战争已经终止，锡安当年被摧毁了电力系统，所以人们才搬到这里，老墨菲斯也当选了理事会高级主席，可是一切都已物是人非，他想请求奈欧比帮助自己，救回崔妮蒂，可是老年的奈欧比坚决不同意，因为这样以来很可能破坏和平协议，挑起战争。